Фондова колекція Національного Києво-Печерського історико-культурного заповідника нараховує більше 70 000 одиниць зберігання, з яких близько 9000 - це предмети з вмістом дорогоцінних металів та коштовного каміння. Всі музейні предмети фондової збірки взяті на облік за такими групами зберігання:
- живопис - представлений український та російський іконопис XVI-XX ст. Роботи майстрів Волині, Галичини, Чернігівщини, Київщини (в т.ч.іконописна школа Києво-Печерської Лаври);
- портрети - в основному це портрети духовних осіб XVIII-XX ст. (митрополитів та архімандритів);
- скульптура - більшість колекції складають предмети культового характеру, елементи різьбленого декору інтер'єрів храмів XVII-XX ст.;
- пам'ятки архітектури - ікони з храмів Києво-Печерської лаври, унікальні фрескові композиції XVII ст. з церкви спаса на Берестові;
- графіка - здебільшого це графічні роботи західноєвропейських майстрів XVI - сер. XX ст., відбитки з кліше Києво-Печерської та Почаївської лаври;
- метал - в основному предмети церковного характеру та невелика кількість світських предметів XII-XX ст. Серед яких чимало робіт українських майстрів. В колекції є такі унікальні пам'ятки: хрест Св.Макарія Митрополита Київського, 1497 р., та хрест Сергія Радонезького XIV ст.;
- книги - стародруки XVI-XVIII ст., книги друкарні Києво-Печерської лаври та інших друкарень України;
- кліше - друкарні Києво-Печерської та Почаївської лаври;
- тканини - основу збірки складають сакральні тканини XVI-XX ст. Серед яких є вклади гетьманів, полковників, козацької старшини;
- архів - архівні документи, які відображають історію Лаври та Заповідника XVII-XX ст.;
- плани - Києво-Печерської лаври, будівель та споруд, підземних комунікацій, окремих територій України XVII поч. XX ст.;
- археологія - археологічні пам'ятки XI-VIII ст. з розкопок на території Києво-Печерської лаври та Печерського району;
- будівельні матеріали - фрагменти оздоблення, плінфа, цегла XI-XX ст.;
- фото - фотографії, які відображають історію Лаври та Заповідника XIX-XX ст., зображення музейних предметів з колекцій Заповідника 1920-х рр.;
- негативи - зображення музейних предметів з колекцій Заповідника з часів його заснування та інші.